La storia è organizzata come il database dell'animus. Sequenze con all'interno ricordi. Nota: "Genderswap" non sta per la regola che dalla sera alla mattina diventi del sesso opposto, ma sta a indicare il cambiamento di sesso all'interno dell'Animus, perchè il protagonista si ritroverà un antenato donna. Ambientazione: 5 anni dopo le vicende del Grande Tempio (Assassin's Creed III) Avvertimenti: What if?, Violenza

Roma, 1503. Torna Ezio Auditore, l'eroe solitario che in Assassin's creed® - Rinascimento ha raccolto l'eredità del Credo degli Assassini per battarsi contro il malvagio Ordine dei Templari, controllati dalle famiglie dei Borgia e dei Pazzi. Dopo l'incontro nella cripta, Ezio ha abbandonato alla sua sort e il capo dell'Ordine, papa Alessandro VI, credendolo destinato a morte certa. Il pontefice, però, non è solo sopravvissuto, ma ha anche passato il testimone ai figli Cesare e Lucrezia: un avido condottiero e un'avvelenatrice. E ora Cesare sta trascinando Roma alla rovina. Solo Ezio può fermarlo.