Anos se passaram desde da última batalha, além de boa parte dos cavaleiros terem caído por terra, Atena foi junto a eles. Porém, nesse tempo uma nova criatura ressurge das profundezas e Atena volta a reencarnar, com isso o Grande Mestre reune seus 12 cavaleiros de Ouro na esperança de protege-la, apesar disso, mais era necessário pós o novo Pegasus já foi escolhido pelas estrelas. Mesmo assim, uma nova questão foi levada, o Pegasus é mesmo capaz de protege-la? Deixar a deusa em suas mãos é a escolha correta? Com isso, uma nova batalha será travada enquanto as sombras de ouro se erguem.

Em uma Terra aonde o tempo é quabrado, e criaturas antigas convivem com seres humanos o mundo inteiro se tornou um completo reino único. Nesse período de 3.000 a 3.000 anos a Guerra Santa começa pelo novo usuário da Excalibur, com isso todas as criaturas e seres que já deveriam estar extintos entram em conflito e aos poucos a Guerra se inicia. Nesse livro acompanhe as temporadas mostradas a cada início do capitulo, o mundo vai está em guerra, aliados se tornam inimigos. Seja muito bem-vindo a Terra 4.

Cada ser é formado de átomos, até mesmo os sem vida. A anos a ciência vêm tentando quebrar os paradigmas deles e fazer o impossível se tornar possível, e esse dia finalmente chegou. A ciência está mais avançada do que nunca, e agora vão fazer o possível para responder as perguntas, mas porém, eles descobrem algo novo e sem nenhum conhecimento sobre tal, acabam cometendo erros e com isso, problemas atrás de problemas do que antes era incapaz de acontecer, agora é mais real do nunca. Entretanto, em meio a poeira levantada, surve os salvadores denominados Clã Magma.