Cruel Angel's Thesis, "La tesis del Ángel cruel", transcurre en el universo de Neon Genesis Evangelion, donde la humanidad se ve obligada a luchar por su supervivencia contra la progenie de Adán: los Ángeles. La agencia paramilitar NERV utiliza a los Evangelion para contrarrestar esta amenaza, unos seres biomecánicos pilotados por jóvenes de entre 20 y 18 años. ¿Estará la humanidad segura en las manos de estos jóvenes?