Viên đá Master Emerald lại một lần nữa bị đánh cắp!! Knuckles đã bị đánh bại bởi một kẻ xâm nhập tự xưng là Haria, kẻ sở hữu ngoại hình kỳ lạ sử dụng thuần thục năng lượng Chaos. Sau khi đánh bại Knuckles, Haria đã độc chiếm hòn đảo Angel và dùng nó cho mục đích riêng của mình. Trong lúc tìm cách lấy lại viên đá Master Emerald, Sonic cùng Tails và Knuckles đã vô tình phát hiện ra thân phận cũng như quá khứ của Haria. Cuộc phiêu lưu mới của nhóm Sonic bắt đầu!

In an unknown world, lies a land ruled by a kingdom named Ishio. Where spiritual energy flourish and the existence of Youkai co-exist with humans. Ishio is crumbling under the new reign when a Youkai become the kingdom's advisor. Righteous warriors leave their service of the empire and become vigilantes. Wandering heroes who fight for the innocent. And the lost legend of the Five heavenly blades. Here, various stories will be unfold. A prologue for a future plan video game project.