Dans ce monde, certains enfants naissent accompagnés d'une ombre pensante qui les accompagnera jusqu'à leur maturité. Ce sont des Shadows Master. Afin de mieux les aider à "préserver" une harmonie correcte avec leur ombre, l'Etat à créé une école spéciale, la Shadow Académie. C'est accompagné de son ombre, Shade, que Matthew, jeune garçon de 16 ans, rejoindra cette académie. Seul problème, Shade est une tsundere dont la passion est de frapper, frapper, frapper, manger des chips et frapper. Sous les yeux de son terrifiant père, directeur de l'académie, Matthew tentera de faire ses preuves en découvrant, peu à peu, les terribles secrets qui pèsent sur cette académie ains que sur son ombre, Shade.