Season 1: Assassinos lendários estão vindo do passado para o futuro. Onde um Templário deseja exterminar os Assassinos, mas os Assassinos do Passado irão ajudar a salvar a Ordem junto com Thomas Auditore, um habilidoso Assassino. Season 2: Thomas Auditore tem que enfrentar os fantasmas do passado enquanto dois Assassinos que estavam desaparecidos aparecem prevendo o fim do mundo por causa de um aparelho mágico que está escondido em uma tumba templária. Com a ajuda de Edward Kenway, o jovem Mestre Assassino voltará para o passado em busca da Tumba Perdida.