Secuela de Clannad, empieza justo donde esta acaba y se extiende durante los próximos diez años. Narra la historia de Okazaki Tomoya y Furukawa Nagisa después de las vacaciones de verano, muchas cosas pasaran entre ellos que harán que sus vidas cambien por completo.

La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como costumbre hablar consigo misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.