Season 1: Assassinos lendários estão vindo do passado para o futuro. Onde um Templário deseja exterminar os Assassinos, mas os Assassinos do Passado irão ajudar a salvar a Ordem junto com Thomas Auditore, um habilidoso Assassino. Season 2: Thomas Auditore tem que enfrentar os fantasmas do passado enquanto dois Assassinos que estavam desaparecidos aparecem prevendo o fim do mundo por causa de um aparelho mágico que está escondido em uma tumba templária. Com a ajuda de Edward Kenway, o jovem Mestre Assassino voltará para o passado em busca da Tumba Perdida.

"Vou buscar vingança sobre todos aqueles que traíram minha família. Eu sou Ezio Auditore de Florença. Sou um Assassino..." A verdade será escrita com sangue Embora acreditasse estar aprendendo a viver, estava aprendendo a morrer. - Leonardo da Vinci

Nunca havia passado pela cabeça de Alice que um dia ela se tornaria uma assassina. Bom, isso não teria acontecido com ela se uns agentes da Abstergo não tivessem invadido a sua casa naquelas férias de verão para roubar um documento de seu falecido pai. Salva por um assassino, ela descobre a verdade sobre seus antepassados, e usa o animus para tentar encontrar um objeto (seja lá qual seja) que tem o poder para impedir uma terrível catástrofe de acontecer... Ela resolve se juntar à irmandade dos assassinos na luta contra os templários, com o objetivo de acabar com a corrupção de seu país e impedir que o mundo vire um caos.