La historia relata la vida tragica y tenebrosa de Tomoki Tamura y su pequeña hermana Lisara Tamura. Cuando sus padres despues de salir a vacasiones, se convierten en victimas de un tragico accidente automovilistico causando su muerte. Lo que lleva a que la pequeña Lisara sufra de trastornos y traumas mentales y meses...
La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como cost...