Lors d'une nuit orageuse au laboratoire d'Haibara, un mystérieux composant chimique instable entre accidentellement en contact avec une onde électromagnétique... et provoque un phénomène inattendu : Ai Haibara et Conan Edogawa échangent leurs corps ! D'abord paniqués, les deux jeunes surdoués comprennent rapidement qu'ils doivent absolument garder le secret pour éviter d'attirer l'attention de l'Organisation des Hommes en Noir ou éveiller les soupçons de leurs proches. Mais incarner l'autre s'avère bien plus compliqué qu'ils ne le pensaient...