El descubrimiento de un nuevo Halo por parte de los personajes, causó una revolución interna por parte del Covenant, ya que debido a la destrucción de la Instalación 04 por parte de los humanos, el Covenant comenzó a desconfiar de los Elites, llegando a traicionarlos finalmente. El argumento de Halo 2 ha sido considerado como uno de los más complejos de la serie.[14]

La humanidad ha conseguido grandes logros tecnologicos pero uno de los más grandes es la capacidad de viajar a través de saltos espaciales slipspace para colonizar otros planetas Pero despues de haber conquistado más de 800 mundos, en el año 2525 una gran amenaza se cierne sobre la humanidad EL COVENANT