Eine Gruppe von Wissenschaftlern führt seit einiger Zeit Qualvolle 'Experimente' an Pokemon durch und Rotten dadurch mehr und mehr die Pokemon aus. Als der Junge Schüler Jan von einem ihm unbekannten Zwielichtigem Jungen das scheinbar letzte Nachtara bekommt um dieses zu beschützen und seine Art zu Retten, erlebt er aufregende Abenteuer mit ihr.