Après avoir mis sa vie en pause pendant trois ans, Nathaniel va enfin pouvoir en reprendre le cours, et avec ça les cours et les interactions sociales. Cependant, alors qu'il pensait pouvoir vivre une année calme et tranquille il va se retrouver nez à nez avec l'un des secrets les mieux gardés de ce monde. Ces révélations vont à nouveau chamboulé toute sa vie, Nathaniel va devoir naviguer entre les cours, ses amis, cette nouvelle facette du monde qu'il vient de découvrir et un amour naissant.

Les vies d'Ame et Nihila, deux hybrides esseulées, vont êtres bouleversées quand deux hommes viendront leur proposer de rejoindre les rangs de l'Académie pour les protéger du danger que représente une mystérieuse organisation connue sous le nom de Raïzentag.