Zaraz po tym jak w Naruto zapieczętowano lisiego demona, Danzou porywa chłopca i wychowuje na broń idealną. Jednak nie wszystko idzie zgodnie z planem, a sam Danzou umiera po 12 latach. Chłopiec zaczyna nowe życie jako genin, próbując znaleźć mordercę swojego mistrza i poznając nowe osoby, w tym ciekawskiego Uchihę. Zaczynają się ich sprzeczki oraz dziwna, pokręcona i skomplikowana znajomość...