Naughty Kiss menceritakan persoalan kehidupan seorang gadis SMA yang bernama Oh Ha-ni (Jung So Min). Oh Ha-ni adalah siswi yang tidak terlalu pintar di kelasnya, mendapat nilai jelek sudah biasa baginya. Sejak hari pertama Oh Ha-ni masuk sekolah, ia telah suka pada pandangan pertama kepada siswa laki-laki yang populer dan jenius bernama Baek Seung Jo (Kim Hyun Joong).