Algo ha salido terriblemente mal en el País de las Maravillas. El Tren de los Sueños ha descarrilado y está destrozando todo lo que encuentra a su paso. Alice deberá salvar de nuevo su País de las Maravillas atormentado, combatiendo a un nuevo enemigo: el Juguetero, mientras intenta detener el Tren Infernal. Mientras, en el mundo real unas fuerzas oscuras como nunca antes había visto se ciernen sobre ella: los misterios de la muerte de su familia aún no han quedado resueltos, y algo está haciendo que Alice vuelva a perder el control. Junto a sus antiguos amigos deberá destruir la oscuridad que amenaza el País de las Maravillas y acabar con los fantasmas de su pasado para recuperar la cordura.

Alice Liddell era una niña solitaria que vivía fantásticas aventuras en su País de las Maravillas para evadirse del mundo real. Un día, un incendio de origen desconocido asoló la casa familiar de los Liddell, siendo la pequeña la única superviviente de la tragedia. Ahora, con sus recuerdos sobre el pasado y su cordura en juego, junto a sus amigos y aliados, deberá embarcarse en un peligroso viaje para enfrentarse a las fuerzas oscuras que amenazan con destruir el País de las Maravillas para así recordar y evitar sumergirse en la más profunda de las locuras. Los habitantes del País de las Maravillas han vuelto, y no precisamente como los recuerdas...