El descubrimiento de un nuevo Halo por parte de los personajes, causó una revolución interna por parte del Covenant, ya que debido a la destrucción de la Instalación 04 por parte de los humanos, el Covenant comenzó a desconfiar de los Elites, llegando a traicionarlos finalmente. El argumento de Halo 2 ha sido considerado como uno de los más complejos de la serie.[14]

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