La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como costumbre hablar consigo misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.

El mundo se enfrenta a un destino fatal y un ángel guardián se encuentra frente a la difícil decisión de elegir entre cumplir las órdenes que le han sido dadas o salvar a su protegida y amada amiga. Pero en medio de la tribulación y la oscuridad de los últimos días de la tierra, cuando parece que finalmente todo está acabado, se encenderá una llama de esperanza para la humanidad...