Después de la muerte de su padre, Uzumaki Boruto decide encargarse, asi que resucita a la organización criminal más temida por las cinco grandes naciones shinobis. Ahora traerá de nuevo a casi toda la organización, Hidan(el cual en realidad nunca murió), Uchiha Obito, Konan, Nagato, Yahiko, Hoshigaki Kisame, Uchiha Itachi, Aka Suna No Sasori y Deidara pero con ciertas complicaciones en su caso, y además decide unir a la organización al experto en genjutsus Uchiha Shisui. Ahora el joven ninja tiene que reformar a sus nuevos compañeros o intento de supervillanos. Esto es Akatsuki no mezame [El despertar Akatsuki]. La historia fue escrita antes de que saliera el anime.