A história se passa anos após a Grande Guerra e Naruto se tornou hokage após a morte trágica de Kakashi. Sasuke não voltou para a aldeia e devido a seus gananciosos feitos, se tornou um dos criminosos mais procurados em todo o mundo Quanto ao Obito? Bem, não foi derrotado e nem passou para o lado dos "mocinhos"

Por dezenas de anos, cientistas e pesquisadores, estudaram uma forma de criar uma nova raça de humanos melhorados, esta nova raça de humanos, foi criada e desenvolvida secretamente longe dos olhos do governo e do povo. Tais pessoas teriam seu DNA misturados com gatos, por causa de sua extrema agilidade e perspicácia, o principal objetivo, era que eles fossem usados em guerras, então os denominaram de NekoMimi, (ou apenas Mimi), são caracterizados pelas orelhas e calda dos felinos. Após árduos anos de estudo, pesquisa e experimento, o projeto foi concluído com perfeição e foi apresentados agoverno e ao mundo. Mesmo com a proposta de que tais mimis não são humanos , a ONU entrou com um pedido para que o governo não aceitasse essa proposta. Depois de muito debate, as cobaias foram soltas no mundo. A sociedade não deu espaço a elas, essa nova espécie de "humanos-felinos" se multiplicou e cresceu no submundo, no meio das favelas e assim foi por muitos anos. Os humanos ainda não os aceitavam, diziam ser uma espécie suja, até mesmo demoníaca para os religiosos. Então houve uma grande guerra, os mimis foram praticamente exterminados, as poucas dezenas que sobreviveram, agora permanecem escondias na sociedade. Mas ainda existe esperança para eles?