Dans la grande et intimidante ville de Bilgewater vit une jeune yordle, orpheline, élevée par un vieux marchand. Alors qu'elle passe une journée ordinaire, elle fait une série de rencontre qui la poussent à partir à l'aventure, dans l'espoir de trouver ses parents, qu'elle croit encore en vie

Deux mois. C'est le temps qui s'est écoulé depuis ce terrible soir où le Q.G. militaire de Central s'est effondré, emportant Roy et Alphonse, qui y avaient foncé tête baissée au secours d'Edward, kidnappé par les homonculi. Depuis lors, Riza n'a plus revu aucun d'entre eux. On les dit « portés disparus » ; « supposés morts », même. Mais la soldate, elle, est convaincue du contraire : elle en est sûre, elle l'a aperçu au milieu de ce paysage désolé, Edward est bel et bien vivant... et toujours aux mains de l'ennemi. Pour le sauver et espérer retrouver les deux disparus, Riza va devoir se retrousser les manches et remonter la piste des miettes de pain que l'alchimiste a laissées dans son sillage. Mais la chose n'est pas pour plaire à tout le monde : dans l'ombre, des forces qui la dépassent sont à l'œuvre et n'entendent pas de cette oreille que la jeune femme cherche à leur arracher la pièce maîtresse de leur plan...