An pasado 10 años desde el último verano de Dipper y Mabel en Gravity Falls, los hermanos Stan vuelven a Gravity Falls al ver una extraña anomalía, una avertura a otra dimencion, Stanford piensa que es sólo un error fácil de solucionar, pero todo cambia con la llegada de alguien de esa avertura.
Después de recuperar el virus M e inyectarlo a los sobrevivientes parecía que todo saldría bien, aunque la humanidad ya no seria la misma por los nuevos seres que el doctor Adams llamo "Mutados", que somos nosotros, al parecer todo estaría bien, hasta que surgieron "Los Tóxicos" y empezaron a matarnos lentamente...