Sono passati sette anni dal matrimonio di Shinichi e Ran e nove anni dal giorno dell'esplosione a casa del dottore Agasa. Shinichi e la karateka hanno deciso di restare a Beika. I genitori di Shinichi hanno deciso di restare a Los Angeles quindi, Shinichi e Ran, hanno deciso di restare in casa Kudo ancora per un po' di tempo. Gin, Vodka e Vermouth sono morti in quell'esplosione già da tempo ma il resto dell'organizzazione che fine ha fatto?

La vita di Ran continua tranquilla. Sorride come sempre e resta la ragazza gentile di sempre. Come ogni giorno si alza prepara la colazione e va a scuola col suo adorato Conan. Ma sarà veramente tutto apposto come tanto vuol far credere? No. Conan, o meglio dire, Shinichi, sente ogni notte dei singhiozzi provenire dalla stanza di Ran. Non riesce a stare tranquillo sapendo che lei soffre in questo modo. L'unica cosa che rimane fare è prendere una decisione che sarà drastica. Ma sarà l'unica possibile. È arrivato il momento per Shinichi di sparire definitivamente dalla vita di quella ragazza.