10 ans après les évènements de Code Lyoko Evolution, Les Lyoko Guerrier mènent désormais leurs vies d'adultes mais ne se sont jamais quittés pour autant: Odd est devenu professeur de Sport au sein du Collège Kadic et a une fille qui s'appelle Margot, William est devenu directeur de sa propre entreprise d'import export et est papa d'un jeune garçon appelé Pierre, Yumi et Ulrick ont montés un club de Penchaksilat dont ils sont les professeurs et ont deux jumeaux, Alina et Haruki. Enfin, Aelita et Jérémy sont devenu scientifiques mais donnent parfois des cours de science au Collège Kadic et ils sont parents d'un garçon, Théo et d'une petite fille, Sophie. Les enfants des premiers Lyoko Guerrier ne le savent pas encore, mais ils sont la nouvelle génération de Lyoko Guerrier.

Dans le lycée de Torrington, en France, un jeune garçon du nom de Martin Mystère va découvrir ce qu'est un sosie diabolique.

Il y a un an de cela, les cinq Lyoko-guerriers éteignaient le supercalculateur, en en profitant par la même occasion pour tourner la page de leur vie de combattants numériques. Chacun profite de sa nouvelle vie beaucoup plus calme mais tout aussi riche, mis à part Aelita. Persuadée que son père est encore en vie malgré qu'il ait disparu sous ses yeux, elle s'apprête à commettre une erreur, qui pourrait bien être jugée impardonnable par les autres membres du groupe, afin de le retrouver. L'intuition d'Aelita est-elle fondée ? Les Lyoko-guerriers arriveront-ils à retrouver leur complicité passée et à renforcer les liens qui les maintenaient si soudés ?

Des années sont passés. XANA a été vaincu. Tyron aussi. Sauf qu'un jour deux nouveaux étudiants découvrent l'Usine, et le Supercalculateur. Ils découvrent tout, et décident de garder le secret. Piqué par la curiosité, ils allument le Supercalculateur. Et ce qu'ils virent ont changé leur vie pour le meilleur et pour le pire. Plongez dans l'aventure, d'une bande luttant contre un nouveau programme maléfique. Mais durant cette bataille, il y aura plusieurs sentiments, tel que la colère, la trahison, la déception, la tristesse. Mais aussi la joie, le bonheur, l'amitié et peut-être même de l'amour? *** TOUS DROITS RÉSERVÉS