Luego de haber restaurado la magia en el mundo, la vida vuelve lentamente a la normalidad para Atsuko Kagari y sus amigas en la Academia Luna Nova; hasta que un día la llegada de un héroe de otro mundo lo cambia todo. Arrastrando una vida que ha olvidado casi por completo, Peter Parker deberá enfrentar su mayor desafío hasta la fecha al mismo tiempo que intenta recuperar las piezas de su pasado. ¿Quién o qué es Spider-man? ¿Cuáles son las historias que lo forjaron? Spider-man y Little Witch Academia le pertenecen a sus respectivos dueños.