20ans après que l'épidémie est commencer et qu'il est perdue sa fille, Joel accepte une mission avec son amie Tess pour sortir un colis de la ville, un colis qu'il doit livrer a un groupe de rebelle, le Lucioles. Mais le colis n'est pas se qu'il penser....Jamais il n'avait livrer une adolescente au Lucioles. Vont-ils réussirent a sortire Ellie de la ville...?

L'histoire conte les péripéties de Nathan Drake : un chasseur de trésors expérimenté et attiré plus que tout par l'aventure. La sienne commence au large des côtes panaméennes lorsqu'il repêche le cercueil de son supposé ancêtre. En l'ouvrant, il découvre le journal secret de Sir Francis Drake, le légendaire explorateur anglais. Bien vite, son périple le mènera au beau milieu du Pacifique à la recherche du célèbre El Dorado. En compagnie de la jeune journaliste Elena Fisher et de Victor Sullivan, le vieil explorateur ; il redécouvre des secrets enfouis depuis plus de quatre cents ans... Seulement, ce ne sont pas les seuls attirés par ces trésors...