Natsu, lycéen de 17 ans, sociable et bourreau des cœurs, voit sa vie prendre une tournure différente lorsqu'il rencontre Lucy, jeune fille à la personnalité très atypique. Son caractère est l'opposé du sien, et dans leur cas, le proverbe « les contraires s'attirent » n'est pas une évidence.

L'académie Ikamura est la plus influente du Japon. Le narrateur Subaru est élève à cette prestigieuse école constitué de 15 élèves. Tout allait bien jusqu'au jour où un meurtre a lieu au sein de l'établissement.