Alice ve Rain, tüm araştırma ekibini ortadan kaldıran virüsü izole etmekle görevli S.T.A.R.S isimli komando takımını yönlendirmekle görevlidir. Tesise giren ekip kısa bir süre sonra korkunç bir gerçekle karşı karşıya kalacaklardır. Öldükleri sanılan şirket çalışanlarının bilinçlerini kaybedip akli dengelerini yitirerek ete ve kana susamış yamyamlara yani zombilere dönüşmüşlerdir. Zombilerin bir ısırığı veya yaptıkları küçük bir çizik bile virüsün yayılmasına ve birkaç saat içinde sizinde onlardan birine dönüşmenize neden olur. Bu yer altı tesisinde Umbrella için çalışan bilim adamlarının denek olarak kullandıkları insanlara aşırı dozda T-virüsü vermeleri sonucu mutasyona uğrayıp ölümcül yaratıklara dönüşmüşlerdir. Bu labaratuvar yaratıklarından biri de serbest kalmıştır üstelik. Alice'in ve ekbinin artık sadece zombilerle değil bu tehlikeli yaratıkla da başları beladadır.

Herkesten farklıydım ve herkes de bunu biliyordu. Bilmekle kalmıyor benden korkuyor, benim yok olmamı istiyor, tiksiniyor ama bana şaşırmaktan da kendilerini alamıyorlardı. Avcılar denen illet bir kuruluş beni ve benim gibi olan 9 kişiyi bulup insanları güvende tutmaya and içmişlerdi. İnsanların koruyucu melekleriydiler. Ama ne Avcılar ne de kalan tüm insanlar aslında çocukluğunu güçlerini kontrol etmeye çalışmakla harcamış masum bir kız çocuğu olduğumu göremiyorlardı. Taki Avcılar beni buluncaya kadar. İşler artık daha kötü olamaz derken hem eğitmenimi, hem de yıllardır sakladığım kimliğimi birden kaybetmiştim. Ama her beyazın içinde bir siyah olduğu gibi, her siyahın içinde de bir beyaz vardı.Nereden bilebilirdim ki Avcı karşıtı güçlü bir grubun var olduğunu ve aslında binlerce kişinin Avcılar'a inanmadığını?Nereden bilebilirdim ki kalan numaraların istikametinin tam olarak bulunduğum yer olacağını? Ve nereden bilebilirdim ki hiçbir şeyin göründüğü gibi olmadığını.