Giappone, periodo Sengoku. Dopo la guerra Onin, la città di Konoha si ritrova con una popolazione dimezzata, composta per lo più da vedove e bambini. Pochi sono gli uomini ritornati alle proprie case, e nessuno di loro indenne. Quando vengono invasi dall'esercito del daimyo Orochimaru, hanno solo due scelte, sottomettersi alle crudeltà dei loro invasori, o ribellarsi. Decidono così, di assoldare 13 ninja per riconquistare la libertà e l'indipendenza.