Po ztrátě doktorky Weirové a doktora Becketta dochází na Atlantidě k zásadním změnám. Vedení expedice přebírá Richard Woolsey - civilní právník a zástupce IOA, který je známý svým důrazem na předpisy, ale postupně si získává respekt týmu i důvěru posádky. Vedoucí lékařského oddělení se po smrti Becketta nově stává doktorka Natálie Jane Fosterová. Třetí část volně navazuje na předchozí příběhy SGA I. & SGA II. a sleduje další osudy týmu na Atlantidě v čele s novým vedením a novými výzvami v galaxii Pegasus.