Shirou Emiya, el infame ganador de la Guerra del Santo Grial despierta en Chaldea, terminando secuestrado Tras un accidente es traído a una tierra cubierta de llamas, Fuyuki, su ciudad natal. Los Servants ahora están corrompidos y solo buscan la destrucción. Y la única forma de salvar el mundo es ganar esta corrupta Guerra del Santo Grial

Emiya Shirou es traido de forma misteriosa al Edo para participar en una Guerra del Santo Grial de 14 Masters y 16 Servants. Aliado con Miyamoto Iori, hijo del famoso Miyamoto Musashi, deberan trabajar juntos para salvar al Edo de la Destrucción y buscar una forma de traer a Shirou a su epoca

La guerra del grial se celebra por quinta vez, pero en vez de Servants y Masters hay cartas de clase. Los magos combinan su magia y el poder de heroes de la historia humana Entre el caos y muerte, un joven Shirou toma una carta prohibida para salvar a su ciudad, cargando con la esperanzas de Fuyuki, incluso si eso significa dejar de ser humano