Nous commençons à la fin du jeux Pikmin 2 le capitaine olimar viens de quitter la planète. Sur cette planète où il à laisser les Pikmin nous suivons l'histoire de nuage violet un jeune Pikmin violet et son combat pour la survie.

Après une catastrophe majeure qui tua tout les Pikmin et fleurs sur la planète PNF-404 dont juste olimar et 8 pikmin 1 de chaque espèce survivent ils devront trouver le moyen d'augmenter les Pikmin pour éviter la catastrophe Et la mort des pikmin olimar arrivera-t'il a faire survivre les espèces de pikmins ? ( ps : merci à arachno pour avoir réfléchi à une nouvelle espèce de pikmin )