Le début de l'intrigue se déroule juste après la toute fin du premier film, avant de s'étaler sur plusieurs années . Porpentina se voit confier une mission des plus importantes par la présidente du M.A.C.U.S.A., tout juste après avoir retrouvé son poste d'Auror. Seulement, cela inclue pour la jeune sorcière qu'elle devra suivre une toute nouvelle formation d'un an et demi, avant d'être envoyée de nouveau sur le terrain. Sa petite sœur, Queenie, essaye de trouver un moyen de rendre naturellement la mémoire à son amour, Jacob, malgré les interdictions instaurées par les lois des Sorciers Américains. Norbert, quand t'a lui, rencontre un succès fulgurant après la publication de son Bestiaire "Vies et Habitats des Animaux Fantastiques" au bout d'un an de travail acharné. Cependant, après avoir enfin décidé d'honorer la promesse faite à son amie New-Yorkaise, le jeune Magizoologiste reçoit une étrange lettre signée, d'une amie proche du passé...