La historia toma lugar justo después de los acontecimientos desatados en Dawn of the Dragon. El planeta se ha vuelto irreconocible y extrañamente fragmentado en pequeñas islas que flotan a su alrededor que van colisionando entre sí. ¿Y qué ha pasado con nuestros héroes Spyro y Cynder? Habían desaparecido... Nadie sabe dónde están, y las esperanzas del mundo se desvanecen. ¿Los reinos se arreglarán? ¿Spyro y Cynder volverán? Es por esto que los Guardianes Elementales han decidido viajar y buscar una solución ante estos problemas, ahora que El Maestro Oscuro desapareció y dejó de ser un peligro, pero... ¿Realmente era la única amenaza?