É o segundo ano de Kousuke (apelidado de Kou) cursando a Academia de Duelo,localizada em uma ilha afastada da cidade Dominó. Neste ano terá, além de emocionantes duelos de cartas de monstros,mistérios na academia e novos romances serão descobertos.Kou retorna de suas férias bimestrais para a academia revigorado e com um novo Deck, mas agora novos alunos entrarão para a academia. Seu retorno será emocionante já que vai rever seus amigos,mas uma pessoa em especial irá marcar para sempre sua vida.

O kaiba viaja ao passado para enfrentar ao farão, mais no meio do duelo aparece um deus egípcio maligno que nossos heróis de Yu-Gi-Oh agora terão que enfrentar o que rolará numa nova aventura Se tiver alguma dúvida me pergunta nos cometários e eu respondo assim que eu veja a mensagem