depois do eventos de ac syndicate a ordem dos assassinos fica fraca equanto que um novo asssassino chamado ajax ira acabar com a guerra entre os templarios que finalmente ira terminar

Marcos é um jovem buscando vingança por seu pai e decide entrar na ordem dos assassinos mas não sabia ele que tudo iria mudar dentro de si mesmo.

Nunca havia passado pela cabeça de Alice que um dia ela se tornaria uma assassina. Bom, isso não teria acontecido com ela se uns agentes da Abstergo não tivessem invadido a sua casa naquelas férias de verão para roubar um documento de seu falecido pai. Salva por um assassino, ela descobre a verdade sobre seus antepassados, e usa o animus para tentar encontrar um objeto (seja lá qual seja) que tem o poder para impedir uma terrível catástrofe de acontecer... Ela resolve se juntar à irmandade dos assassinos na luta contra os templários, com o objetivo de acabar com a corrupção de seu país e impedir que o mundo vire um caos.