Cuando Zero despierta en un laboratorio abandonado, tres Reploides le piden ayuda para combatir al que un día fue su compañero...

Tras los acontecimientos de Megaman ZX Advent, pasan 5 años. Ashe cumple 20 años y sigue aventurandose alrededor de la tierra con el Modelo A a su lado y también reunida con su hermano menor, Grey. Pero su paz es interrumpida por Mavericks y humanos siendo controlados por el modelo W y Los dos ahora tendrán que pelear Unidos para detener y devolver la paz. Pero también habrá secretos revelados y antiguos aliados de vuelta aquí.