Le dirigeable du colonel Muska, détenant la jeune Sheeta, se fit attaqué par des pirates, Sheeta sauta dans le vide en tentant de leur échapper. Elle est sauvée in extrémiste par Pazu, un jeune travailleur dans une cité minière. Les pirates et l'armée de Muska leurs donnent la chasse pour récupérer la pierre bleue. Au terme d'une course-poursuite effrénée, Sheeta se confie à Pazu, lui avouant qu'elle est la descendante des souverains de Laputa, la cité mythique située dans les airs. Elle est par conséquent la seule détentrice du secret de Laputa que le chef des armées, le cruel Muska, cherche à percer...

Sophie, une jeune fille de dix-huit ans, a repris la boutique de chapellerie de son père. Elle rencontre le jour du défilé militaire de la ville un mystérieux sorcier, Hauru. Ce dernier la prend en sympathie. Cependant, la sorcière des Landes, amoureuse d'Hauru, jalouse Sophie, craignant d'avoir perdu Hauru. Pour se venger, elle tend un piège à Sophie afin de briser la complicité entre le magicien et la jeune fille. Incapable de révéler à sa famille le sort que la sorcière lui a jeté, Sophie s'enfuit dans les montagnes.

L'histoire retranscrite en livre du jeune Ashitaka et de la princesse des esprits dans le Japon ancien...