La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como costumbre hablar consigo misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.

Ha pasado tiempo desde que Shaoran se fue del país de Clown, Sakura reecibe la visita de Kotani, un viejo mago que le enseñará a usar su poder, pero esto despertará la codicia de otros, podrá Sakura controlar sus poderes para derrotar a sus enemigos o estos la capturaran a ella alejandola de Shaoran.