La humanidad ha conseguido grandes logros tecnologicos pero uno de los más grandes es la capacidad de viajar a través de saltos espaciales slipspace para colonizar otros planetas Pero despues de haber conquistado más de 800 mundos, en el año 2525 una gran amenaza se cierne sobre la humanidad EL COVENANT

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Después de los acontecimientos de Halo 5, el Jefe Maestro ya no es el mismo, ya que ha vuelto a perder a Cortana, pero el tiene que aceptar los daños provocados por Cortana, ya que esta I.A no esta en buenas condiciones. Pero el Jefe Maestro tiene que buscar una forma de acabar con los Guardianes, con la ayuda de el equipo Azul, y el equipo Osiris, del Spartan Locke.