Ainda em luto pela perda de River Song, o Doutor retoma suas viagens pela galáxia e sua primeira parada é Jericó. Ele se depara com uma série de desaparecimentos que claramente não são aleatórios. Enquanto investiga, o Doutor percebe que não é o único interessado no mistério. Algumas mentes brilhantes acabam cruzando seu caminho, cada uma trazendo uma peça essencial para desvendar o enigma.

Em um universo onde os grandes heróis já não estão mais presentes, Nova York foi deixada à própria sorte, dominada pelo submundo do crime. É nesse vazio que Peter Parker surge como um vigilante inexperiente, tentando fazer o certo sem entender completamente o custo de usar uma máscara. Codinome: Homem-Aranha acompanha Peter Parker do primeiro erro ao nascimento de um mito, mostrando sua evolução de um herói improvisado a um símbolo de esperança, um mito urbano construído a partir de erros, perdas e escolhas difíceis. A história começa de forma urbana e pé no chão e cresce aos poucos para algo maior, onde poderes extraordinários, ciência e forças além das ruas passam a moldar o destino da cidade. Uma releitura densa e emocional do Homem-Aranha, onde cada escolha tem consequências reais e o heroísmo nunca vem sem cicatrizes.