Minęły 2 tygodnie od kiedy Luna i Lea dołączyły do drużyny ninja. Raph postanawia wyznać Lei co do niej czuje,lecz ona odwzajemnia tylko uczucia Leonarda,przez co chłopak czuje większą niechęć do brata. Zaczyna wobec niego zachowywać agresywnie. Pewnej nocy poznaje tajemniczą Eris, która zaczyna mu działać na nerwy...
Leo, Raph, Donnie i Mikey ruszyli na kolejny patrol. Gdy z Niego wracają, dzieje się coś strasznego i Shredder porywa Splintera, a co gorsza pomogła Mu w tym Shini, która powiedziała Shreddeowi o tym, gdzie jest kryjówka żółwi i Ich przyjaciół. Teraz żółwie, April, Karai i Shini muszą ruszyć na ratunek Splinterowi, bo...
