En la lejana región de Lendso, algo extraño está ocurriendo: los pokémon del Bosque de las Aguas se comportan de una forma extremadamente violenta con los entrenadores que entran allí, independientemente de si ellos quieren capturarlos o simplemente usar el bosque como atajo hacia la ciudad más próxima. Alarmado por el comportamiento de las criaturas y preocupado por los jóvenes heridos, el profesor Salix decide formar un equipo de investigación para encontrar la causa de éste problema. Días más tarde, en la región de Kanto, Misty recibe una llamada del profesor Oak. Parece ser que el profesor Salix la necesita urgentemente en Lendso...