Dopo che la Regione di Kanto viene misteriosamente infestata dagli zombie, l'allenatore di Pokémon Rosso scappa con un traghetto insieme ad altri 58 sopravvissuti. Rosso incontrerà dei compagni di viaggio e dovrà trovare la Gemma del Cyex, un misterioso luogo situato sott'acqua. Ce la farà ?