Secuela de Clannad, empieza justo donde esta acaba y se extiende durante los próximos diez años. Narra la historia de Okazaki Tomoya y Furukawa Nagisa después de las vacaciones de verano, muchas cosas pasaran entre ellos que harán que sus vidas cambien por completo.

La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como costumbre hablar consigo misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.

[COMPLETADA] Una noche fue suficiente para cambiarlo todo, para destruirlo todo. Él acabó con mi familia, con todo lo que amo y por alguna razón me dejó con vida, ¿Por qué? Es tan doloroso vivir después de esa noche, tal vez él quería que viviera y sufriera, ese me parece un destino aun más cruel que la muerte. Sobrevivir se ha vuelto mi pan de cada día, y no pasa ni un segundo en el que no intente recordar esa noche, recordar su rostro, identificarlo para que se haga justicia. Soy la única testigo, la única persona que ha sobrevivido de los ataques de ese asesino frío y no puedo ayudar porque no recuerdo nada. La impotencia de no poder darle la justicia que se merece mi familia y todas las otras familias que han sido víctimas me carcome por dentro y me duele cada día. Pero no me voy a dar por vencida, lo voy a recordar, lo voy atrapar así pierda mi vida en el intento.