En el año 2003, el Digital World se vio afectado por una crisis sin precedentes, la cual desembocaría en la exterminación masiva de los Digimon considerados indeseables, de acuerdo con las directivas del "Proyecto Ark". El Old Digital World, como se le empezó a llamar desde entonces, transformado en un reino de muerte no apto para la vida, fue sellado en las profundidades del Dark Area. Sin embargo, 16 años más tarde, lo impensable ocurrió: señales desconocidas provenientes de aquel desierto olvidado. Esto hizo que el administrador del Digital World ordenara a los Royal Knights ir al sitio para investigar, sin sospechar que así le estaba dando inicio a una crisis incluso más grande que la anterior...

Acusado injustamente, culpado de algo que nunca hizo, hecho prisionero por la persona que mas respetaba en este mundo, engañado por la que creyó que seria el amor de su vida, todos le dieron la espalda y finalmente cayo al infierno, el Héroe Deku estaba perdido... Fue entonces que paso, unas cuantas personas de encargarían de entrenarlo, hicieron que rompiera sus limites de una buena y última vez, Deku murió lentamente, siendo traicionado, encarcelado y torturado pero de esa muerte algo nació, un nuevo héroe, algo que jamás habían visto.... un Ronin...