2238 D.C. Há cem anos, a humanidade trava uma guerra contra si mesma. Aqueles que abandonaram uma Terra em declínio para conquistar as estrelas formaram a União das Colônias Espaciais (U.C.E.), uma organização tecnologicamente superior cujo poder é imposto por seu braço militar, A Catedral. Deixadas para trás, as nações fragmentadas da Terra lutam uma batalha perdida, com seus exércitos e sua esperança diminuindo a cada década. Seus soldados, pilotando máquinas de guerra colossais chamadas U.M.T.s, são constantemente superados pelo poderio da U.C.E. Mas agora, o equilíbrio de poder está prestes a mudar. Em um ato final e desesperado, os últimos governos livres da Terra se uniram para formar a Aegis, uma coalizão criada com um único propósito: ser o escudo contra a tempestade que vem das estrelas. Alimentado por uma nova e misteriosa tecnologia e por uma geração de pilotos que não conheceu nada além da guerra, o gigantesco teatro do conflito está pronto para seu último e mais brutal ato. O domínio de um século das colônias está prestes a ser desafiado, e o futuro da humanidade será decidido em uma guerra travada entre os céus azuis da Terra e a infinita escuridão do espaço.

Na cidade de Aomori, no norte do Japão, o jovem Yukihiro Hayate vive seu segundo ano de ensino médio. Prestativo, o famoso faz tudo da escola estende suas mãos aos diversos clubes e a seus amigos do conselho estudantil. Mudanças no horizonte, no entanto, vão bagunçar o cotidiano do jovem. Enquanto portas que a muito ele acreditava fechadas, voltarão a se abrir.