Au début des années 2000, dans une école de Tokyo, Eikichi Onizuka, professeur d'éducation civique malgré lui, accueille une nouvelle élève dans la classe 3-4. Cependant, ils semblent déjà se connaître. Les doutes autour de cette relation floue sont nombreux pour ses élèves les plus proches : la seule chose à faire est alors de prendre contact avec cette fille.