Dos años han pasado desde que Atsuko Kagari detuvo al misil junto a sus amigas y devolvió la magia al mundo; dos años en los que las nueve brujitas se han vuelto más unidas que nunca... Las vacaciones de verano han acabado, y el momento de volver a Luna Nova ha llegado. El equipo rojo, azul y verde se reunirán una vez más en la prestigiosa escuela de brujas para completar su ultimo año de estudio, y así poder graduarse como unas autenticas hechiceras. Pero no todo saldrá como ellas desean. El haber devuelto la magia al mundo no solo ayudo a los menos afortunados, igualmente beneficio a aquellos con oscuridad en su corazón. Un grupo desconocido está en busca de las gemas que una vez pertenecieron a las Antiguas Nueve Brujas, para así encontrar el poder con el que destruirán todo la felicidad que la joven Akko ha creado; el poder del Trono Mágico. Las herederas de las Antiguas Nueve Brujas deberán parar con su labor escolar para salvar al mundo, de nuevo. "El Trono ha de ser reclamado una vez más..."

Cuando llegué aquí había pensado muchas cosas, menos encontrarme con esto. No podía creer que mi madre creía que trayéndome a una academia femenina haría que me detuviera, sexualmente hablando. Nada más lejos de la realidad. No es que me gustaran las chicas en sí, pero no había otra opción. Además, mi curiosidad es rival a la de un gato. Pero no me había percatado de las normas que tenían las estudiantes entre ellas a modo estricto; y yo había roto la primera de estas. Prohibido enamorarse de Diana Cavendish.