Un año despues de Spider-Man 3, Peter vive una gran vida junto a Mary Jane en su nueva casa, mientras su ex maestro Curt Connors trabaja en una formula para regenerar su brazo, pero esto termina mal y Connors se convierte en un monstruo de apariencia reptilesca llamado el Lagarto, mientras Peter aparte de seguir trab...
Luego de lo ocurrido en Spider-Man 4, Peter sigue pensando en proponerle matrimonio a Mary Jane, a la vez, enfrentándose a un nuevo villano, Mysterio, sujeto misterioso el cual esta causando caos en Nueva York, diciendo que se vengara de el y haciéndose ver como héroe, aparte, el mafioso Max Dillon cansado de Spider-M...
Tras lo acontecido en Spider-Man 5, Peter se prepara para su boda con Mary Jane, pero antes, tendrá que combatir a dos nuevos villanos, Kraven el Cazador, que quiere cazarlo para sentirse el mejor cazador del mundo, y el Escorpión, creado por Jameson y Smythe para ver como fraude a Spider-Man, pero algo peor ocurrirá...